درخت فیلوژنتیک

🔭🔬🌴🦠
.
A phylogenetic tree based on rRNA genes,[citation needed] showing the three life domains: bacteria, archaea, and eukaryota. The black branch at the bottom of the phylogenetic tree connects the three branches of living organisms to the last universal common ancestor. In the absence of an outgroup, the root is speculative.
In a rooted phylogenetic tree, each node with descendants represents the inferred most recent common ancestor of those descendants,[citation needed] and the edge lengths in some trees may be interpreted as time estimates. Each node is called a taxonomic unit. Internal nodes are generally called hypothetical taxonomic units, as they cannot be directly observed. Trees are useful in fields of biology such as bioinformatics, systematics, and phylogenetics. 
~~~
🔴 به‌طور معمول ارگانیسم‌ها به دو طریق می‌توانند ژن‌ها را به ارث ببرند: انتقال افقی ژن و انتقال عمودی ژن. انتقال افقی ژن شامل انتقال ژن از والد به فرزندان است. انتقال غمودی ژن یا انتقال جانبی ژن وقتی اتفاق می‌افتد که ژن بین دو ارگانیسم بدون ارتباط جهش کند. این یک پدیده معمولاً در تک سلولی‌ها است. یک مثال خوب از این نوع ساخت آنتی‌بادی‌های مقاوم به عنوان نتیجه تبادل ژن بین بعضی از باکتری‌ها و MDR است.
انتقال عمودی ژن، امر مشخص‌سازی ساختار نژادی یک گونه را دشوار می‌کند؛ و بر حسب اینکه چه ژنی در ساخت درخت تکاملی به کار گرفته شده باشد، ناهماهنگی‌هایی در ساختار ژنی در بین گونه‌های خاص از موجودات گزارش شده‌است.
کارل وز، با تئوری سه بعدی حیات (eubacteria, archaea and eukaryota) شناخته می‌شود. این نظریه بر پایه کشف خود او که ژن‌هایی که RNA‌های داخل ریبوزوم (rRNA) را دیکد می‌کنند از قدیم داخل ارگانیسم‌ها بوده و در کل شکل حیات توزیع شده‌اند؛ و انتقال عمودی ژن یا بر روی آن‌ها تأثیر نگذاشته یا کمترین تأثیر را گذاشته‌است. بنابراین می‌توان از rRNA به عنوان یک ساعت مولکولی برای تشکیل ساختار ژنی استفاده کرد. این به‌طور خاص برای ساختارشناسی می‌کرو جانداران مفید است.